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La présence humaine à Bonnevaux est attestée depuis la préhistoire par la présence d'art rupestre, comme des cupules, sur le site de la Gardette proche de Bonnevaux, (même s'il se situe encore sur le territoire de la commune d'Aujac). On trouve sur ce site des gravures superbes, une des plus belles collections des gravures rupestres cévenoles.
L'histoire fait un bon de plusieurs siècles avant de trouver, cité dans des textes du XIIème siècle, la présence du prieuré de saint Ruf, peut-être existait-il depuis une époque plus ancienne. La superbe église romane saint Théodorit date du XIIème siècle. Elle est surmontée au XVème siècle de son clocher peigne à 4 arcades avec 11 têtes sculptées.
Ce prieuré prit de l’expansion et vécu une période particulièrement faste aux XIIIème et XIVème siècles. Au XVème siècle les moines descendirent s'établir plus bas dans la plaine, mais conservèrent néanmoins cette possession, malgré les efforts des seigneurs Comtes du Roure pour se l'approprier.
A partir du XVIIème siècle, le village commence à perdre sa population qui descend vers les plaines où le travail des champs est plus facile, puis travaille dans les exploitations minières en plein essor.
Vers les années 1960, le village n'est plus que tas de ruines et n'est plus habité que par 45 habitants et quelques Hippies.
Depuis quelques dizaines d'années une nouvelle population est arrivée et a réhabilité progressivement ce village qui est redevenu un site superbe, accueillant, plein de vie, résolument tourné vers le XXIème siècle et le tourisme. L'église classée a été restaurée, de nouvelle exploitations agricoles ont vu le jour, des gites ont été aménagés et des chemins de randonnées balisés. La commune est même aujourd'hui, équipée de l'Internet à haut-débit.
